息子を連れ砂漠を行く黒装束の男。〈エル・トポ＝モグラ〉という名の銃の名手は旅の途中で、山賊たちの襲撃に合い住民が虐殺された村に差し掛かる。山賊の首領である大佐を倒し去勢すると、エル・トポは、息子を置き去りにして、大佐の女を連れて砂漠へと旅立って行く。目的は、最強のガンマンとなるため、砂漠に暮らす4人の銃のマスターたちと対決すること。卑劣な手段を使い4人のマスターを倒したエル・トポだったが、最強である事の無意味さを思い知る。そして、女に裏切られ、瀕死の重傷を追う。20年後…洞窟で目を覚ましたエル・トポは再び現世へと足を踏み入れて行く。しかし、そこはエル・トポの想像を越える腐敗した世界だった…。